Pemilihan Mahasiswa Berprestasi (Mawapres) sebagai salah satu kompetisi kejuaraan tingkat nasional telah diselenggarakan mulai tingkat jurusan dan Fakultas MIPA. Kegiatan seleksi Mawapres dimulai dari seleksi berkas dan dokumen dari setiap mahasiswa wakil program studi di lingkungan FMIPA, baik dokumen kejuaraan, karya unggulan, artikel LKTI, dan dokumen administrasi lain. Pada tahun 2018 kebijakan dari Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan di FMIPA Prof. Dr. Sudarmin, M.Si untuk seleksi diterapkan Sistem Informasi dan Manajemen Mahasiswa Berprestasi (Simawapres) yang dirancang dan dikembangkan oleh mahasiswa jurusan ILKOM FMIPA. Simawapres akan merekam semua data dan dokumen yang terkait seleksi Mawapres, sehingga melalui sistem ini akan mengurangi anggaran dan kertas dokumen dari peserta Mawapres, sehingga nirkertas bisa terwujud dan efisian dalam penggunaan waktu dan anggaran. Sistem penilaiannya juga berlangsung on line, sehingga lebih mudah dan obyektif, dan transparan. Pada tahun 2018 kegiatan seleksi Mawapres di bulan Februari 2018, sehingga bulan Maret bisa seleksi di tingkat UNNES untuk merebutkan juara ditingkat Universitas dan maju ke babak final bulan April 2018.
Pada tahun 2018 jumlah mahasiswa yang terlibat sebanyak 10 peserta dan merupakan wakil setiap prodi di lingkungan FMIPA UNNES, hal tersebut disampaikan oleh ketua panitia seleksi Mawapres saudara Stephani Diah Pamelasari, SS, M.Hum. Hasil seleksi dari Mawapres diperoleh juara 1, 2, dan 3 Mawapres tingkat Fakultas MIPA yaitu Septia Nurkhalisa (IPA Terpadu), Khoironni Devi Maulana (Pend. Kimia), dan Putri Indrawati (Biologi). Para juara 1 dan 2 selanjutnya akan dipersiapkan oleh tim kemahasiswaan MIPA untuk berkompetisi di tingkat Universiats. Bapak Dekan mengharapkan wakil dari FMIPA dapat juara di tingkat Universitas, bahkan Nasional seperti dua tahun lalu yaitu saudara Emas Prasetya dari Jurusan Kimia. Segenap pimpinan dan civitas academica FMIPA menyampaikan ucapan terima kasih kepada segenap panitia Mawapres, semoga FMIPA bisa juara di tingkat Nasioal ditahun Internasionalisasi ini.