Bertugas memimpin SPI, melaksanakan penyusunan program audit, menetapkan rencana kegiatan dan mengkoordinasikan pelaksanaan kegiatan audit internal serta ikut mengusahakan dan mengendalikan sumber daya yang diperlukan SPI. Ketua bertanggung jawab langsung kepada Rektor Unnes. Ketua dapat menunjuk tenaga profesional diluar sumber daya yang dimiliki, jika keahlian orang tersebut sangat dibutuhkan dalam suatu penugasan tertentu. Ketua berwenang mendapat akses kepada seluruh unit kerja di lingkungan universitas dalam rangka menjalankan tugas Pengawasan. Kewenangan dapat didelegasikan kepada pengurus SPI dan auditor-auditor yang diberi tugas melaksanakan audit.
Bertugas melaksanakan pekerjaan terkait pengauditan di bidang aset. Divisi Aset bertanggungjawab kepada Ketua dengan koordinasi kepada Sekretaris.
Bertugas membantu pimpinan dalam mengkoordinasi sumber daya SPI, melakukan penyiapan bahan penyusunan program audit, rencana audit, memfasilitasi pelaksanaan audit, penyusunan laporan, dan memimpin kesekretariatan serta mengamankan aset dan dokumen. Sekretaris dapat mewakili Ketua, jika mendapat mandat dari Ketua atau Ketua berhalangan hadir. Sekretaris bertanggung jawab kepada Ketua.
Bertugas melaksanakan pekerjaan terkait pengauditan di bidang sumber daya manusia yang meliputi tenaga dosen dan tenaga kependidikan dan pengauditan di bidang teknologi informasi. Divisi SDM dan Teknologi Informasi (TI) bertanggungjawab kepada Ketua dengan koordinasi kepada Sekretaris
Bertugas melaksanakan pekerjaan terkait pengauditan di bidang keuangan yang meliputi perencanaan keuangan, pelaksanaan anggaran, pertanggungjawaban keuangan serta mengawasi kepatuhan sistem akuntansi. Divisi keuangan bertanggungjawab kepada Ketua dengan koordinasi kepada Sekretaris.
Bertugas menyelenggarakan administrasi, mendokumentasi kertas kerja dan laporan-laporan hasil audit serta melaksanakan pengauditan. Staf juga merangkap menjadi auditor, bertanggung jawab kepada Ketua melalui Sekretaris.
